Научный центр урологии был организован в 2004 году на базе Национального госпиталя Министерства здравоохранения Кыргызской Республики (травматологический корпус) как Республиканский научный центр урологии. С момента создания в центре были развёрнуты профильные отделения: приёмно-операционное, общей урологии с урогинекологией, андрологии, мочекаменной болезни, реконструктивно-восстановительной хирургии, нефрологии с гемодиализом, дробления камней почек, а также отделение урологии для участников Великой Отечественной войны.

С момента основания и по настоящее время бессменным директором центра является член-корреспондент НАН КР, Заслуженный деятель науки КР, Заслуженный врач КР, доктор медицинских наук, профессор Акылбек Чолпонкулович Усупбаев. Под его руководством центр прошёл путь от небольшого подразделения до ведущего научно-клинического учреждения страны.

В 2013 году по инициативе профессора А.Ч. Усупбаева и при поддержке Правительства Китайской Народной Республики был построен новый 6-этажный корпус, созданный по прототипу урологического центра в Пекине. С этого момента центр был значительно расширен и включает приёмно-операционное отделение, отделения общей урологии с урогинекологией, андрологии, мочекаменной болезни и эндоурологии – каждое на 30 коек. Это позволило увеличить объём помощи, внедрить передовые технологии и создать комфортные условия для пациентов.

В 2025 году, после ввода в эксплуатацию нового корпуса Национального госпиталя с отделением неотложной медицинской помощи, приёмное отделение центра урологии было переведено в этот современный корпус. Это решение обеспечило более эффективную маршрутизацию экстренных пациентов, интеграцию с реанимационной службой и улучшило доступность урологической помощи.

Сегодня Научный центр урологии – это флагман урологической службы Кыргызстана, сочетающий богатые традиции, высокий научный потенциал и современные технологии, направленные на сохранение здоровья населения.